COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 16.227118 16.227118 15.417620
2021-01-31 17:00:00 13.790906 13.790906 15.436081
2021-01-30 17:00:00 14.226573 14.226573 15.451736
2021-01-29 17:00:00 16.722515 16.722515 15.529161
2021-01-28 17:00:00 14.854013 14.854013 15.526759
2021-01-27 17:00:00 17.223449 17.223449 15.512984
2021-01-26 17:00:00 14.387580 14.387580 15.483233

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 2.105401 4.545455 8.809802
2021-01-31 17:00:00 4.321187 10.236822 8.078415
2021-01-30 17:00:00 12.195122 12.195122 7.566842
2021-01-29 17:00:00 16.333333 16.333333 7.200742
2021-01-28 17:00:00 9.763206 9.763206 6.644044
2021-01-27 17:00:00 13.005671 13.005671 6.202577
2021-01-26 17:00:00 3.870639 3.870639 5.902760

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 9.219858 4.107425 14.514988
2021-01-31 17:00:00 9.698997 9.698997 15.107246
2021-01-30 17:00:00 17.994859 17.994859 15.709742
2021-01-29 17:00:00 8.211679 13.931889 16.114474
2021-01-28 17:00:00 13.548387 13.548387 16.719037
2021-01-27 17:00:00 21.764706 21.764706 17.023204
2021-01-26 17:00:00 17.956656 17.956656 17.370953

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 10.322922 10.322922 9.492354
2021-01-31 17:00:00 7.327259 7.327259 9.640337
2021-01-30 17:00:00 7.442937 7.442937 9.691301
2021-01-29 17:00:00 12.383749 12.383749 9.953858
2021-01-28 17:00:00 10.697839 10.697839 10.095747
2021-01-27 17:00:00 9.283445 9.283445 10.317119
2021-01-26 17:00:00 12.782369 12.782369 10.394142

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 28.761574 28.761574 14.640513
2021-01-31 17:00:00 11.434868 11.434868 14.205134
2021-01-30 17:00:00 13.702478 13.702478 13.821970
2021-01-29 17:00:00 19.174282 19.174282 13.962217
2021-01-28 17:00:00 10.939843 10.939843 13.653129
2021-01-27 17:00:00 11.926698 11.926698 13.376932
2021-01-26 17:00:00 22.086445 22.086445 13.411218

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 42.985685 42.985685 33.390910
2021-01-31 17:00:00 36.716504 36.716504 32.410657
2021-01-30 17:00:00 28.777924 28.777924 32.252492
2021-01-29 17:00:00 30.555556 30.555556 32.092391
2021-01-28 17:00:00 17.187500 31.724138 31.755140
2021-01-27 17:00:00 23.868632 32.712697 31.177300
2021-01-26 17:00:00 32.021928 32.021928 30.758976

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 17.622951 5.145592 17.109152
2021-01-31 17:00:00 21.926910 21.926910 17.531804
2021-01-30 17:00:00 17.697228 17.697228 17.695175
2021-01-29 17:00:00 19.985648 19.985648 17.106788
2021-01-28 17:00:00 24.053953 24.053953 17.240854
2021-01-27 17:00:00 17.288336 17.288336 17.378125
2021-01-26 17:00:00 14.998219 14.998219 16.985861

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 9.584280 4.405395 6.295360
2021-01-31 17:00:00 6.130144 6.130144 6.356538
2021-01-30 17:00:00 5.807011 5.807011 6.484278
2021-01-29 17:00:00 6.823128 6.823128 6.559231
2021-01-28 17:00:00 6.475927 7.758938 6.672334
2021-01-27 17:00:00 8.497396 8.497396 6.779709
2021-01-26 17:00:00 6.182684 6.182684 6.862245

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 20.580110 5.560739 10.091171
2021-01-31 17:00:00 16.821918 16.821918 10.336734
2021-01-30 17:00:00 9.518477 9.518477 10.488850
2021-01-29 17:00:00 11.699550 11.699550 10.609804
2021-01-28 17:00:00 12.674617 9.608177 10.622960
2021-01-27 17:00:00 10.000000 10.000000 10.703904
2021-01-26 17:00:00 9.045394 9.045394 10.592157

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 19.128456 19.128456 20.354144
2021-01-31 17:00:00 19.527431 19.527431 20.492260
2021-01-30 17:00:00 19.848321 19.848321 20.629958
2021-01-29 17:00:00 21.719250 21.719250 20.853924
2021-01-28 17:00:00 23.845731 15.422316 21.119550
2021-01-27 17:00:00 23.734603 23.734603 21.255365
2021-01-26 17:00:00 28.107861 28.107861 21.370010

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 19.129555 7.036485 12.353640
2021-01-31 17:00:00 14.416567 14.416567 12.724345
2021-01-30 17:00:00 13.221496 13.221496 12.538467
2021-01-29 17:00:00 11.845466 11.845466 12.386767
2021-01-28 17:00:00 15.148305 15.148305 12.280725
2021-01-27 17:00:00 14.116934 14.116934 11.985066
2021-01-26 17:00:00 11.456693 11.456693 11.936438

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 10.485437 7.105263 9.203941
2021-01-31 17:00:00 10.532276 10.532276 9.252348
2021-01-30 17:00:00 10.600255 10.600255 9.107143
2021-01-29 17:00:00 10.690122 10.690122 9.063915
2021-01-28 17:00:00 10.627401 10.627401 8.929232
2021-01-27 17:00:00 7.563025 7.563025 8.725238
2021-01-26 17:00:00 3.398058 3.398058 8.538603

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 27.622378 48.382867 70.581966
2021-01-31 17:00:00 33.865120 62.684564 70.151384
2021-01-30 17:00:00 85.906040 85.906040 70.669457
2021-01-29 17:00:00 94.551282 94.551282 71.844515
2021-01-28 17:00:00 78.382148 78.382148 72.123386
2021-01-27 17:00:00 70.801034 70.801034 72.372428
2021-01-26 17:00:00 157.464789 76.470588 73.741950

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 37.857143 19.064748 NaN
2021-01-31 17:00:00 45.454545 45.454545 NaN
2021-01-30 17:00:00 83.032491 83.032491 NaN
2021-01-29 17:00:00 131.196581 103.367003 NaN
2021-01-28 17:00:00 67.868852 67.868852 NaN
2021-01-27 17:00:00 86.738351 86.738351 NaN
2021-01-26 17:00:00 39.949109 39.949109 NaN

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 20.015576 20.015576 16.062067
2021-01-31 17:00:00 15.540150 15.540150 16.059118
2021-01-30 17:00:00 13.528098 13.528098 16.046646
2021-01-29 17:00:00 18.898899 18.898899 16.267630
2021-01-28 17:00:00 15.974729 15.974729 16.279264
2021-01-27 17:00:00 15.435232 15.435232 16.307884
2021-01-26 17:00:00 12.671889 12.671889 16.156902

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 16.652021 45.342707 31.147982
2021-01-31 17:00:00 99.165121 99.165121 31.639804
2021-01-30 17:00:00 21.332354 21.332354 31.250681
2021-01-29 17:00:00 21.548075 21.548075 30.877918
2021-01-28 17:00:00 30.588546 30.588546 30.950825
2021-01-27 17:00:00 29.653680 29.653680 30.782955
2021-01-26 17:00:00 19.046708 19.046708 30.369768

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 11.212397 4.611924 7.874801
2021-01-31 17:00:00 9.090909 9.090909 7.921076
2021-01-30 17:00:00 8.737123 8.737123 7.986347
2021-01-29 17:00:00 9.191702 9.191702 7.983554
2021-01-28 17:00:00 8.722856 8.722856 7.864320
2021-01-27 17:00:00 8.091554 8.091554 7.781375
2021-01-26 17:00:00 5.086620 5.086620 7.636183

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 17.847158 17.847158 15.889588
2021-01-31 17:00:00 14.464646 14.464646 15.849908
2021-01-30 17:00:00 15.528634 15.528634 16.081762
2021-01-29 17:00:00 16.520826 16.520826 16.446496
2021-01-28 17:00:00 15.159372 15.159372 16.779144
2021-01-27 17:00:00 15.301890 15.301890 17.295216
2021-01-26 17:00:00 16.253351 16.253351 17.989658

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 9.678256 5.368451 7.609779
2021-01-31 17:00:00 7.089241 7.089241 7.751847
2021-01-30 17:00:00 8.621676 8.621676 7.866041
2021-01-29 17:00:00 8.087134 8.087134 7.932701
2021-01-28 17:00:00 8.790586 8.790586 8.046785
2021-01-27 17:00:00 7.273254 7.273254 8.127883
2021-01-26 17:00:00 6.432422 6.432422 8.126815

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 74.093264 10.751880 21.400359
2021-01-31 17:00:00 23.728814 23.728814 21.687467
2021-01-30 17:00:00 15.713301 15.713301 22.265818
2021-01-29 17:00:00 23.775727 23.775727 22.738397
2021-01-28 17:00:00 29.496403 29.496403 22.987359
2021-01-27 17:00:00 23.029967 33.173461 23.172970
2021-01-26 17:00:00 18.771331 18.771331 23.157809

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 13.043478 3.658537 9.324168
2021-01-31 17:00:00 15.533981 15.533981 10.100663
2021-01-30 17:00:00 1.351351 1.351351 10.288132
2021-01-29 17:00:00 14.545455 14.545455 11.095403
2021-01-28 17:00:00 8.247423 8.247423 11.987731
2021-01-27 17:00:00 18.888889 18.888889 12.552841
2021-01-26 17:00:00 1.941748 1.941748 13.308407

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-01 17:00:00 33.574720 19.068985 25.810618
2021-01-31 17:00:00 21.573714 21.573714 26.704553
2021-01-30 17:00:00 25.941697 25.941697 27.438744
2021-01-29 17:00:00 37.826421 37.826421 28.358841
2021-01-28 17:00:00 20.837887 20.837887 28.933106
2021-01-27 17:00:00 57.071070 34.637681 29.846093
2021-01-26 17:00:00 27.028986 27.028986 30.419172

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.105401 4.545455 8.809802
Basilicata 9.219858 4.107425 14.514988
Calabria 10.322922 10.322922 9.492354
Campania 28.761574 28.761574 14.640513
Emilia-Romagna 42.985685 42.985685 33.390910
Friuli Venezia Giulia 17.622951 5.145592 17.109152
Lazio 9.584280 4.405395 6.295360
Liguria 20.580110 5.560739 10.091171
Lombardia 19.128456 19.128456 20.354144
Marche 19.129555 7.036485 12.353640
Molise 10.485437 7.105263 9.203941
P.A. Bolzano 27.622378 48.382867 70.581966
P.A. Trento 37.857143 19.064748 NaN
Piemonte 20.015576 20.015576 16.062067
Puglia 16.652021 45.342707 31.147982
Sardegna 11.212397 4.611924 7.874801
Sicilia 17.847158 17.847158 15.889588
Toscana 9.678256 5.368451 7.609779
Umbria 74.093264 10.751880 21.400359
Valle d'Aosta 13.043478 3.658537 9.324168
Veneto 33.574720 19.068985 25.810618

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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